Cette municipalité occupe la plus grande partie de la côte du levant du massif du cap de Creus. Isolée par les montagnes, Cadaqués vit face à la mer et pratiquement séparée, par la terre, du reste de l’Empordà, jusqu’à la fin du XIXe siècle.
Là où se trouve Cadaqués, beaucoup de bandes de pirates venaient autrefois se réfugier après avoir attaqué les navires en haute mer.
La vigne qui l’a enrichie au XVIIIe siècle, l’a pratiquement ruinée avec l’arrivée du phylloxéra au début du XIXe siècle.
Paradoxalement, l’isolement du village devint un facteur de prospérité au début du XXe siècle car les touristes se disséminaient dans les zones d’accès plus facile en ignorant ses coins les plus reculés, ce qui permit de conserver une certaine virginité urbanistique très appréciée actuellement. Cadaqués doit son charme intact à Salvador Dalí qui l’a défendue contre les promoteurs immobiliers.